眼科では藤田保健衛生大学創設より、たえず新しい治療法の開発と導入に携わってきました。最近では眼科手術の中心的な器具である広角手術用顕微鏡 （OFFISS）を当院で開発。この顕微鏡を用いると眼内が隅々まで観察でき、手術を安全に迅速に行うことができます。現在では網膜硝子体手術のスタンダードとなっています。また眼内の透明な組織を染色により可視化して手術を行う方法 （組織染色手術）が当院の堀口教授により創始され、この組織染色手術により眼内の難手術が安心して行えるようになりました。さらに痛みのきわめて少ない経テノン球後麻酔を開発しました。これらの当院眼科オリジナルの治療は眼疾患で苦しむ患者さんから高く評価され当院の網膜硝子体手術総数は常に日本で上位となっています。